中共盐城工学院机关委员会于2013年3月1日成立，是校党委领导下的一个基层党组织，与党委统战部合署办公。

2013年3月13日，中共盐城工学院机关委员会举行选举大会，196名党员出席。大会审议通过了《中国共产党盐城工学院机关委员会选举办法（草案）》，无记名投票选举了（按姓氏笔画为序）朱志勇、宋长春、吴晟奕、沈晓梅、倪自银、廖大干、戴必明七位同志为中共盐城工学院机关委员会委员。中共盐城工学院机关委员会第一次全体委员会议，选举吴晟奕同志为中共盐城工学院机关委员会书记。

2015年4月，根据学校干部调整和机关人员变动情况，经报请学校党委同意，中共盐城工学院机关委员会研究决定以无记名投票的方式增补委员。经选举，中国共产党盐城工学院机关委员会委员为（按姓氏笔画为序）田为龙、包雅玮、吴晟奕、宋长春、倪自银、高留才、戴必明。

2018年5月23日，中共盐城工学院机关委员会召开机关全体党员大会进行换届选举。经选举并报学校党委常委会研究决定，中共盐城工学院机关委员会委员由（按姓氏笔画为序）王伟、卢新国、田为龙、邢晓平、吴晟奕、张兵（党办）、姚军七位同志担任，姚军同志任中共盐城工学院机关委员会书记。

2021年12月22日，中共盐城工学院机关委员会召开机关全体党员大会进行换届选举。经选举并报学校党委常委会研究决定，中共盐城工学院机关委员会委员由（按姓氏笔画为序）王伟、邢晓平、孙爱东、孙雷、陈正群、姚军、顾红、秦卫兵、徐新华九位同志担任，姚军同志任中共盐城工学院机关委员会书记，秦卫兵同志任中共盐城工学院机关委员会副书记。

目前，中共盐城工学院机关委员会下设二十七个党支部，分别为 党委办公室、党委巡察工作办公室党支部，校长办公室党支部，纪委机关党支部，党委组织部党支部，党委宣传部党支部，党委统战部党支部，学生处党支部，安全保卫处党支部，离退休工作处党支部，工会党支部，团委党支部，人事处党支部，教务处党支部，教育教学评估处党支部，财务处党支部，审计处党支部，科学技术处党支部，社会科学处党支部，党委研究生工作部党支部，发展与改革办公室党支部，国际交流与合作处党支部，基建规划处党支部，国有资产管理处党支部，黄海涛同志任党支部书记；招投标管理办公室党支部，实验室建设与设备管理处党支部，信息化建设与管理办公室党支部，学报编辑部党支部。共有党员227名。